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Members
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nombre /
name: Sònia Casillas Viladerrams
titulación /
title:
Licenciada en Biología, máster en Genética / BSc.
Biology,
MSc. in Genetics
categoría
/ category:
Estudiante de Doctorado
/
PhD Student
centro
/ center:
Facultad de Ciencias
/
Faculty of Science
e-mail:
sonia.casillas@uab.es
teléfono
/ phone:
+34 935812730
fax
/ fax:
+34 935812387 |
| Sònia Casillas es
estudiante de doctorado en el Grupo de Genómica, Bioinformática y
Evolución del Departamento de Genética y Microbiología de la
Universitat Autònoma de Barcelona.
Se licenció en el 2001 por dicha universidad, y en el 2003 obtuvo
el Master en Genética tras finalizar los cursos de doctorado y
presentar el trabajo de investigación "Plataforma
bioinformática para la representación y análisis de la diversidad
nucleotídica en Drosophila". Su campo de investigación es la Genética de Poblaciones,
la Genómica y la Bioinformática. En la actualidad desarrolla herramientas bioinformáticas para el análisis e interpretación evolutiva de la diversidad de las secuencias moleculares.
Además, es profesora desde el 2003 en cursos de bioinformática en la Universitat Autònoma de Barcelona.
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Sònia Casillas is a PhD student in the Genomics, Bioinformatics and
Evolution Group of the Department of Genetics and Microbiology at the
Universitat Autònoma de Barcelona.
She obtained her degree in Biology in 2001 for the same university. In
2003, she obtained her Master in Genetics after finishing the
doctorate courses and presenting the research work "Bioinformatics
platform for the representation and analysis of the nucleotide
diversity in Drosophila".
Her research field is Population Genetics, Genomics and Bioinformatics. At
present she is developing bioinformatics tools for the evolutionary
analysis and interpretation of
the
diversity of DNA sequences.
On the other hand, she is teaching in bioinformatics courses at the Universitat Autònoma de Barcelona
since 2003.
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♦♦
Reseach Lines _____________________________________________________
- Métodos de Data Mining en Genética de Poblaciones
/ Data mining in
population genetics
Generación bases de datos de polimorfismos genéticos
/ Development of
databases on DNA polymorphisms
Herramientas Bioinformáticas para el análisis de la diversidad
nucleotídica
/ Bioinformatics tools for the analysis of
nucleotide diversity
Estudio de la evolución del DNA
no codificante
/ Evolution of non-coding DNA
Ensamblado y anotación de genomas
/ Genome assembling and
annotation
Genómica comparada / Comparative genomics
Funded projects
_____________________________________________________
- Papel de la recombinación en la generación de la diversidad cromosómica y nucleotídica natural
/ The role of recombination in the generation of the natural
chromosomic and nucleotidic diversity.
Coordinador: Alfredo Ruiz. DGICYT - PB98-0900-C02. 1999 - 2002.
- Subproyecto 2: Distribución de las tasas de recombinación local causadas por conversión y entrecruzamiento a lo largo del genoma
/ Distribution of local recombination rates caused by gene
conversion and crossing-over along the genome.
Investigadores: A. Barbadilla (I.P.); A. Navarro, Cristina Santa y
Sònia Casillas. DGICYT - PB98-0900-C02-02. 1999 - 2002
- Creación de una empresa de base tecnológica /
Creation of a techology-based company.
IP: A. Barbadilla. Centre d'Innovació i
Desenvolupament Empresarial (CIDEM). 2001 - 2002.
Genómica comparada y funcional de Drosophila: causas y consecuencias de las reordenaciones cromosómicas naturales
/ Comparative and functional genomics in Drosophila: causes and
consequences of the natural chromosomic rearrangements.
Investigadores: A. Ruiz (I.P.), A. Barbadilla, Josefa González, Ferran Casal, Bárbara Negre, Marta Puig, Cristina Santa, Sònia Casillas. MCYT - BMC2002-01708.
2002 - 2005.
Patrones de diversidad nucleotídica en diferentes regiones
funcionales de Drosophila y Cordados
/ Patterns of nucleotide
diversity in different functional regions of Drosophila and
Chordates.
Investigadores: A. Barbadilla (I.P.), Sònia Casillas,
Natalia Petit, Raquel Egea and Esther Betrán. MCYT - BFU2006-08640/BMC.
2007 - 2010.
Publications _______________________________________________________________
-
Artículos en revistas de investigación
/ Articles in International Science Journals
- Casillas, S. and Barbadilla, A. (2004). PDA: a pipeline to
explore and estimate polymorphism in large DNA databases. Nucleic
Acids Research, 32 (Web Server issue): W166-169. [Abstract]
- Negre, B., Casillas,
S., Suzanne, M., Sánchez-Herrero, E., Akam, M., Nefedov, M.,
Barbadilla, A., de Jong, P. and Ruiz, A. (2005). Conservation of
regulatory sequences and gene expression patterns in the
disintegrating Drosophila Hox gene complex. Genome Research,
15: 692-700. [Abstract]
- Casillas, S., Petit, N. and Barbadilla, A. (2005). DPDB:
a database for the storage, representation and analysis of
polymorphism in the Drosophila genus. Bioinformatics,
21 (Suppl.2): ii26-ii30. [Abstract]
- Casillas, S. and Barbadilla, A. (2006). PDA v.2:
improving the exploration and estimation of nucleotide polymorphism
in large datasets of heterogeneous DNA. Nucleic Acids Research,
34 (Web Server issue): W632-634. [Abstract]
- Casillas, S., Negre, B., Barbadilla, A. and Ruiz, A. (2006).
Fast sequence evolution of Hox and Hox-derived genes
in the genus Drosophila. BMC Evolutionary Biology, 6: 106. [Abstract]
  Research
highlights
- Egea, R., Casillas, S. Fernández, E., Senar, M.A. and Barbadilla, A. (2007).
MamPol: a database of nucleotide polymorphism in the Mammalia
class. Nucleic Acids Research, 35 (Database issue):
D624-D629. [Abstract]
- Petit, N., Casillas, S., Ruiz, A. and Barbadilla, A. (2007).
Protein polymorphism is negatively correlated with conservation of
intronic sequences and complexity of expression patterns in Drosophila melanogaster.
Journal of Molecular Evolution,
In press.
- Publicaciones y servidores bioinformáticos en la Web /
Publications and Web Platforms in Internet
- PDA: herramientas para el análisis del polimorfismo,
desequilibrio de ligamiento y sesgo de codones en grandes bases de
datos / PDA: tools to explore and estimate polymorphism, linkage
disequilibrium and codon bias in large DNA databases. Casillas, S.
and A. Barbadilla. PDA: Pipeline Diversity Analysis.
http://pda.uab.es.
- Plataforma Bioinformática de Diversidad Genética en Drosophila
/
Bioinformatics platform of
genetic diversity in Drosophila.
Casillas, S. and A. Barbadilla. DPDB: Drosophila Polymorphism Database.
http://dpdb.uab.es.
La base de datos DPDB está
listada con el No. de acceso 744 en la NAR Molecular
Biology Database compilation; vea el resumen reciente en
http://www3.oup.co.uk/nar/database/summary/774.
/ The DPDB database is listed
with Accession No. 774 in the NAR Molecular Biology
Database compilation; see the recent summary at
http://www3.oup.co.uk/nar/database/summary/774.
- Plataforma Bioinformática de Diversidad Genética en mamíferos
/
Bioinformatics platform of
genetic diversity in mammals.
Egea, R., Casillas, S. and A. Barbadilla. MamPol: Mammalia Polymorphism Database.
http://mampol.uab.es.
La base de datos MamPol está
listada con el No. de acceso 952 en la NAR Molecular
Biology Database compilation; vea el resumen reciente en
http://www3.oup.co.uk/nar/database/summary/952.
/ The DPDB database is listed
with Accession No. 952 in the NAR Molecular Biology
Database compilation; see the recent summary at
http://www3.oup.co.uk/nar/database/summary/952.
Teaching
____________________________________________________________________
- Cursos de
bioinformática de la empresa
e-Biointel. Universitat Autònoma de Barcelona, desde 2003
/
Bioinformatics courses of the
e-Biointel company. Universitat Autònoma de Barcelona,
since 2003.
Prácticas de Genética (2º
curso de la titulación de Biología). Universitat Autònoma de
Barcelona, curso 2005-2006 /
Practicum
Genetics (2nd
course Biology degree). Universitat Autònoma de Barcelona, year
2005-2006.
Prácticas de Biocomputación (4º
curso de la titulación de Biología). Universitat Autònoma de
Barcelona, curso 2006-2007 /
Practicum
Biocomputation (4th
course Biology degree). Universitat Autònoma de Barcelona, year
2006-2007.
Supervisión del proyecto de master de Raquel
Egea Sánchez /
Supervision of
the master project of Raquel Egea Sánchez.
Cursos de
bioinformática de la Plataforma Bioinformàtica de la UAB. Universitat Autònoma
de Barcelona, desde 2006
/
Bioinformatics courses of the UAB Bioinformatics Platform. Universitat Autònoma de Barcelona,
since 2006.
Other _________________________________________________________
- Miembro del
comité científico
en congresos y jornadas científicas
/ Program
Comitee member
in congresses and scientific meetings:
- I International Conference on Bioinformatics Research
and Development (BIRD'07).
Berlin (Germany), March 12-14th 2007.
http://www.birdconf.org/.
- V International Workshop on Biological Data Management (BIDM'07),
in conjunction with DEXA 2007.
Regensburg (Germany), September 3-7th 2007.
http://www.dexa.org/.
- Participación
en congresos y jornadas científicas
/ Participation
in congresses and scientific meetings:
- II Jornada de Biología Evolutiva.
"Base de datos de polimorfismo en Drosophila (DPDB)".
Sònia Casillas and Antonio Barbadilla.
Institut d'Estudis Catalans (Barcelona), 2002. Org.:
Societat Catalana de Biologia. Tipo de participación: comunicación
oral
/ oral communication.
XXV Congreso de la SEBBM.
"Bases de datos y construcción de plataformas web para el análisis
de secuencias". Sònia Casillas and Antonio Barbadilla.
León, 2002. Org.:
Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular (SEBBM). Tipo
de participación: comunicación oral / oral communication.
III Jornadas de Bioinformática.
"DPDB: Drosophila DNA-polymorphism Database". Sònia Casillas
and Antonio Barbadilla.
Salamanca, 2002.
Org.: Centro de Investigación del Cáncer (CSIC-Universidad de
Salamanca). Tipo de participación: póster
/ poster.
III Jornada de Biología Evolutiva.
"PDA, un pipeline para el análisis del polimorfismo
nucleotídico". Sònia Casillas and Antonio Barbadilla.
Institut d'Estudis
Catalans (Barcelona), 2003. Org.: Societat Catalana de
Biologia. Tipo de participación: comunicación oral
/ oral
communication.
XII Seminario de Biología Molecular y
del Desarrollo.
"Reorganización del complejo de genes Hox en Drosophila".
Bárbara Negre, Sònia Casillas, Antonio Barbadilla, Michael
Nefedov, Pieter de Jong and Alfredo Ruiz.
Institut d'Estudis
Catalans (Barcelona), 2004. Org.: Societat Catalana de
Biologia. Tipo de participación: comunicación oral
/ oral
communication.
Genomes and Evolution.
"Rearrangement of the Drosophila Hox gene complex: Genomic
characterization of the labial-proboscipedia split in Drosophila
buzzatii".
Bárbara Negre, Sònia Casillas, Antonio
Barbadilla, Michael Nefedov, Pieter de Jong and Alfredo Ruiz.
State College (Pennsylvania,
USA), 2004. Org.: International Society for Molecular
Biology and Evolution (SMBE) and American Genetic Association (AGA). Tipo de participación:
póster
/ poster.
12th International
Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 3rd European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2004).
"PDA, a pipeline to explore and estimate polymorphism in large
DNA databases". Sònia Casillas and Antonio Barbadilla.
Scottish Exhibition and Conference Centre (Glasgow, Scotland,
UK), 2004. Org.: International Society for Computational Biology (ISCB). Tipo de participación:
demostración de software y póster
/ demo presentation and poster.
XV Seminario de genética
de poblaciones y evolución.
"Caracterización genómica de las reordenaciones del
complejo de genes Hox en Drosophila". A. Ruiz,
B. Negre, J. González, S. Casillas, A. Barbadilla, F. Casals, A. Delprat, O. Calvete, M. Nefedov, P. de Jong, I. Bosdet, J.E.
Schein, R.A. Hoskins.
Parador de Sigüenza (Sigüenza, Guadalajara), 2004. Org.: Sociedad
Española de Genética. Tipo de participación:
comunicación oral
/ oral communication.
V Jornadas de
Bioinformática.
"Storage, representation and analysis of nucleotide
polymorphism". Sònia Casillas, Natalia Petit, Raquel
Egea and Antonio Barbadilla.
Palau de Congressos de Montjuich i Universitat Politècnica de
Catalunya (Barcelona), 2004. Org.: Universitat
Politècnica de Catalunya i CEPBA-IBM Research Institute. Tipo de
participación: póster
/ poster.
V Jornada de Biología Evolutiva.
"Evolución nucleotídica y estructural de los genes Hox
y derivados de Hox en el género Drosophila". Sònia Casillas,
Bárbara Negre, Antonio Barbadilla and Alfredo Ruiz.
Institut d'Estudis
Catalans (Barcelona), 2005. Org.: Societat Catalana de
Biologia. Tipo de participación: comunicación oral
/ oral
communication.
V Jornada de Biología Evolutiva.
"Representación y análisis bioinformático de la diversidad
genética en Drosophila". Antonio Barbadilla,
Sònia Casillas, Natalia Petit, Raquel Egea and Alfredo Ruiz.
Institut d'Estudis
Catalans (Barcelona), 2005. Org.: Societat Catalana de
Biologia. Tipo de participación: comunicación oral
/ oral
communication.
10th Congress European
Society for Evolutionary Biology.
"Sequence evolution of Hox and Hox-derived
genes in the genus Drosophila". Sònia Casillas,
Bárbara Negre, Antonio Barbadilla and Alfredo Ruiz.
Jagiellonian University (Kraków, Poland), 2005. Org.:
European Society for Evolutionary Biology (ESEB). Tipo de participación:
póster
/ poster.
10th Congress European
Society for Evolutionary Biology.
"Conservation of regulatory sequences and gene
expression patterns in the disintegrating Drosophila Hox
gene complex". Bárbara Negre, Sònia Casillas, Magali
Suzanne, Ernesto Sánchez-Herrero, Michael Akam, Michael Nefedov,
Antonio Barbadilla, Pieter de Jong and Alfredo Ruiz.
Jagiellonian University (Kraków, Poland), 2005. Org.:
European Society for Evolutionary Biology (ESEB). Tipo de participación:
invited talk
/ invited talk.
10th Congress European
Society for Evolutionary Biology.
"Non-coding conserved sequences modulate coding
nucleotide variation in Drosophila melanogaster".
Natalia Petit, Sònia Casillas, Alfredo Ruiz and
Antonio Barbadilla.
Jagiellonian University (Kraków, Poland), 2005. Org.:
European Society for Evolutionary Biology (ESEB). Tipo de participación:
póster
/ poster.
4th European Conference on Computational
Biology / 6th Meeting of the Spanish Bioinformatics Network.
"DPDB: a database for the storage, representation and
analysis of polymorphism in the Drosophila genus".
Sònia Casillas, Natalia Petit and
Antonio Barbadilla.
Palacio de Congresos (Madrid, Spain), 2005. Org.:
Spanish National Bioinformatics Institute (INB). Tipo de
participación: comunicación oral
/ oral communication.
Annual SMBE Meeting:
Genomes, Evolution and Bioinformatics (GEB 2006).
"Microevolution of highly conserved noncoding sequences
in Drosophila: implications for cis-regulatory
evolution". Casey M Bergman, Sònia
Casillas, Alfredo Ruiz and
Antonio Barbadilla.
Arizona State University (Tempe, Arizona, USA), 2006. Org.:
Society of Molecular Biology and Evolution. Tipo de
participación: comunicación oral
/ contributed talk.
VI Jornada de Biología Evolutiva.
"MamPol: una base de dades per l’estudi de polimorfisme a la
classe Mammalia".
Raquel Egea, Sònia Casillas and
Antonio Barbadilla.
Institut d'Estudis
Catalans (Barcelona), 2006. Org.: Societat Catalana de
Biologia. Tipo de participación: comunicación oral
/ oral
communication.
14th Annual International
Conference On Intelligent Systems For Molecular Biology (ISMB
2006). "Comparative analysis of nucleotide polymorphism levels across different taxonomic units".
Natalia Petit, Sònia Casillas, Raquel Egea, Alfredo
Ruiz and Antonio Barbadilla.
Fortaleza (Brasil). 2006. Org: International
Society for Computational Biology (ISCB). Tipo de participación:
póster / poster.
Otto Warburg International
Summer School and Workshop 2006 on Evolutionary Genomics.
"Evolution of noncoding DNA in Drosophila: implications
for cis-regulatory evolution". Sònia Casillas, Antonio Barbadilla and Casey M.
Bergman.
Berlin (Germany), 2006. Org.: Max Planck Research
Institute. Tipo de participación: comunicación oral
/ oral
communication.
XVI Seminario de genética
de poblaciones y evolución.
"Bioinformática de la diversidad nucleotídica: bases de
datos y detección de la selección que actúa sobre las secuencias
conservadas no codificadoras". Antonio Barbadilla,
Sònia Casillas, Natalia Petit, Raquel Egea and Casey M.
Bergman.
Sant Feliu de Guíxols (Girona), 2006. Org.:
Sociedad Española de Genética - Sección de Genética de
Poblaciones y Evolución. Tipo de participación: comunicación oral
/ oral
communication.
40th PopGroup 2006 - The
Population Genetics Group Meeting.
"Weak purifying selection maintains highly conserved
noncoding sequences in Drosophila". Sònia Casillas,
Antonio Barbadilla and Casey M.
Bergman.
The University of Manchester (Manchester), UK, 2007. Org.:
The United Kingdom's Population Genetics Group. Tipo de participación: comunicación oral
/ oral
communication.
Asistencia a otras jornadas científicas
/ Other scientific meetings
attended:
- Bioinformatics: present applications and future challenges.
ICREA (Barcelona), 2003. Org.: ICREA-FCR.
- IV Jornada de Biología
Evolutiva. Institut d'Estudis Catalans (Barcelona), 2004. Org.: Societat Catalana de
Biologia.
- DNA: Cuántos genes tiene el genoma? CosmoCaixa (Barcelona),
2004. Org.: Fundació "la Caixa".
- El genoma en Internet. CosmoCaixa (Barcelona),
2005. Org.: Fundació "la Caixa".
/ Courses:
- Scientific Writing. Servei d'Idiomes Moderns (SIM), Universitat
Autònoma de Barcelona, 2003.
- Oral presentations. Servei
d'Idiomes Moderns (SIM), Universitat Autònoma de Barcelona, 2004.
-
Administración de Linux
/ Linux Administration.
Departament
d'Informàtica de l'ETSE, Universitat Autònoma de Barcelona, 2004.
I International Post-Graduate Course in Genomics. Departament
de Genètica i Microbiologia, Universitat Autònoma de Barcelona, 2004.
Understanding Genetic Variation.
Facultat de Veterinària, Universitat Autònoma de Barcelona,
2005.
Técnicas
computacionales para el análisis de las secuencias de DNA.
Aplicaciones a la predicción de genes
/
Computational analysis of DNA sequences. Gene Prediction
Techniques.
CosmoCaixa (Barcelona),
2005.
Org.: Fundació "la Caixa".
II International Post-Graduate Course in Genomics.
Departament
de Genètica i Microbiologia, Universitat Autònoma de Barcelona, 2006.
A Day of Condor Tutorials for Scientists.
Escola Tècnica Superior d'Enginyeries (ETSE), Universitat Autònoma de Barcelona, 2006.
Otto Warburg International Summer
School and Workshop 2006 on Evolutionary Genomics. Max Planck Research Institute,
2006.
Tecnologías del INB /
INB Tecnologies.
CNIO, Madrid,
2006.
Becas / grants:
- Beca de e-Biointel para el desarrollo de plataformas
bioinformáticas y la preparación de material para cursos de
bioinformática
/ e-Biointel grant for the development of
bioinformatics platforms and the preparation of material for
bioinformatics courses. Organismo financiador / funding
organism: e-Biointel. Duración
/ duration:
01/02/2002 - 31/10/2002.
- Beca Predoctoral de Formación de
Personal Investigador (FPI) asociada al proyecto BMC2002-01708
/ PhD fellowship. Organismo financiador / funding
organism:
Ministerio de Ciencia y Tecnología. Duración
/
duration: 01/05/2003 - 30/04/2007.
Ayuda de viaje de la
International Society for Computational Biology (ISCB) para
la asistencia al congreso ISMB/ECCB 2004. 08/2004.
/
Travel grant of the
International Society for Computational Biology (ISCB) for
the assistance to the congress ISMB/ECCB 2004. 08/2004.
Ayuda de la UAB-CIRIT
para la asistencia a congresos 2004 (ref. ASJ2004-176/2T).
12/2004. /
Travel grant of the UAB-CIRIT for
the assistance to congresses 2004 (ref. ASJ2004-176/2T).
12/2004.
Ayuda de la UAB-CIRIT
para la asistencia a congresos 2005 (ref. ASJ2005-76).
07/2005. /
Travel grant of the UAB-CIRIT for
the assistance to congresses 2005 (ref. ASJ2005-76).
07/2005.
Beca europea Marie Curie para estadías
breves (PHD20) (ref. HPMT-GH-01-00285-13).
/Marie Curie Europan grant for
short stays abroad (PHD20) (ref. HPMT-GH-01-00285-13). Organismo financiador / funding
organism:
European Comission. Duración
/
duration:
16/01/2006 -
15/04/2006.
Ayuda de la UAB-CIRIT
para la asistencia a congresos 2006 (ref. ASJ2006-103).
09/2006. /
Travel grant of the UAB-CIRIT for
the assistance to congresses 2006 (ref. ASJ2006-103).
09/2006.
- Estancias en Centros extranjeros /
Stays abroad:
- The University of Manchester (Manchester, UK), at Casey
Bergman's lab. 16/01/2006
- 15/04/2006. Evolución del DNA no codificante en Drosophila /
Evolution of non-coding DNA in Drosophila.
- Miembro de
/ Member of:
- Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB)
/ The International Society for Computational Biology (ISCB)
- Societat Catalana de Biologia (SCB)
/ The Catalan Society for Biology
- Xarxa de Bioinformàtica de Catalunya
/ The Bioinformatics
network of Catalonia
_____________________________________
Última actualización
/
last updating: 2006/11/07
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